Die Koordinierungsstelle hat die zentrale Aufgabe, die sieben Verbünde im Modellierungsnetz untereinander zu vernetzen und ihre Arbeiten auf mehreren Ebenen zu unterstützen. Sie soll den Austausch zwischen den teilnehmenden Konsortien aktiv herstellen, indem sie eng mit den jeweiligen Koordinatorinnen und Koordinatoren der Modellierungsverbünde zusammenarbeitet und den Informationsfluss zwischen diesen fördert.

Die Koordinierungsstelle soll dazu Videokonferenzen, physische Treffen der Verbundkoordinierenden, Jahrestagungen für alle Mitglieder der Forschungsverbünde sowie Workshops organisieren. Darüber hinaus soll die Koordinierungsstelle einen Lenkungsausschuss einrichten, bestehend aus den Verbundkoordinatorinnen und Verbundkoordinatoren sowie ausgewählten Vertreterinnen und Vertretern der Mitarbeiter. Hauptziele des Ausschusses sind die Standardisierung und Koordinierung von Methoden für alle Konsortien sowie die gemeinsame strategische und methodische Ausrichtung des Modellierungsnetzes.

Neben diesen zentralen internen Aufgaben hat die Koordinierungsstelle aber auch eine wichtige Aufgabe nach außen: Sie soll in der Öffentlichkeit ein Verständnis für die mathematischen Modellierungsansätze erzeugen. Insbesondere die Methoden der mathematischen Modellierung, deren Limitationen sowie die Interpretation der Ergebnisse sollen einer breiten Öffentlichkeit verständlich vermittelt werden. Dies soll unter anderem mithilfe einer professionellen externen Kommunikation geschehen, die die Information der breiten Öffentlichkeit, von Fachgesellschaften sowie von Entscheidungsträgern umfasst.