Standort MDC Berlin: Verifikation und Identifikation von Protein-Protein-Interaktionen und systematische Analyse von Targetproteinen mittels Röntgenstrukturanalyse
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Stiftung Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) |
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NGFN 2: SMP-Protein, Standort MDC Berlin: Drei Teilprojekte aus „SMP-Protein“ sind am MDC Berlin-Buch angesiedelt: 1. Das Teilprojekt "Yeast two-hybrid protein interaction networks" ist an der Aufklärung zellulärer Pathways und daran beteiligter Protein-Protein-Interaktionen interessiert. Einen Schwerpunkt dieses Teilprojektes bildet die experimentelle und bioinformatische Analyse von über 3000 Protein-Protein-Interaktionen. Das hieraus resultierende bessere Verständnis krankheitsrelevanter Pathways ist Grundlage für die Entwicklung neuer Therapieansätze. 2. Im Teilprojekt "Structure determination" sollen ausgewählte Targets (Proteine, Proteinkomplexe) in ihrer räumlichen Struktur bestimmt werden. Nach bioinformatischer und spektroskopischer Analyse sowie Kristallisation finden Röntgendiffraktionsexperimente statt. Strukturen medizinisch relevanter Targets können in gemeinsame Projekte mit der Industrie münden oder Ziel langfristiger Lizenzvereinbarungen sein. 3. Das Projektmanagement regelt für sämtliche Standorte die Zusammenarbeit zwischen allen Partnern in der „SMP-Protein“. Es überwacht die wissenschaftliche Koordination der einzelnen Teilprojekte, organisiert Meetings und vertritt die Plattform nach außen.
Standort MPI-MG Berlin: Aufklärung zellulärer Schlüsselfunktionen durch verschiedene methodische Ansätze
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Max-Planck-Institut für molekulare Genetik |
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NGFN2: SMP-Protein: Standort MPI-MG, Berlin: In den 5 am MPI-MG angesiedelten Teilprojekten des SMP werden mit unterschiedlichen methodischen Ansätzen zelluläre Schlüsselfunktionen auf verschiedenen regulatorischen Ebenen untersucht. Die Gesamtheit der Daten der Teilprojekte wird in eine Datenbank integriert, und Modelle für eine Vorhersage für die untersuchten Fragestellungen werden entwickelt. Folgende Arbeiten werden durchgeführt: 1) Generierung rekombinanter Proteine für Antikörperproduktion, Strukturanalyse, Interaktionsstudien. 2) MS-Analyse von: affinitätsgereinigten Proteinkomplexen, PTM's und Quantifizierung von Proteinhalbwertzeiten in vivo. 3) Arraybasierte Analytik von Protein-DNA Wechselwirkungen, Integration und Korrelation der experimentellen Daten und 4) Aufbau einer Modellierungsplattform. In der projektspezifischen Datenbank werden die Ergebnisse aller Teilprojekte miteinander verknüpft. Die Gesamtheit der Daten bildet die untersuchten zellulären Schlüsselfunktionen ab und dient als Basis für ein besseres Verständnis von medizinischen Fragestellungen in der klinischen Diagnostik. Teilprojektspezifische Verwertungen mit geeigneten Kooperationspartnern sind geplant. Die Ergebnisse sollen veröffentlicht und technische Neuerungen als Patent angemeldet werden.
Standort HZI, Braunschweig: Etablierung und Anwendung von chemischen Microarrays
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Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH - Abt. Chemische Biologie |
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NGFN 2: SMP-Protein: Standort HZI, Braunschweig: Proteine sind die primären Zielmoleküle bei externer Beeinflussung biologischer Systeme durch chemische Substanzen, wie sie letztlich auch bei der Behandlung von Krankheiten mit Therapeutika genutzt wird. Daher ist die Identifizierung von chemischen Verbindungen, die mit hoher Affinität und Selektivität an Proteine binden, eine herausragende Aufgabe. Zu einem Netzwerk aus über 3500 humanen Protein-Protein-Interaktionen (PPIs) sollen daher in diesem Vorhaben das SMP-Protein mit modernen Hochdurchsatzverfahren wirkstoffähnliche synthetische Inhibitoren/Aktivatoren für Proteinfunktionen und PPIs identifiziert werden. Es werden Substanzbibliotheken nach kombinatorischen Methoden hergestellt, dann nach einem neuen speziellen Verfahren auf planare Träger zu Miko-Arrays gedruckt und systematisch mit den Proteinen aus dem Netzwerk in Bindungstests abgefragt. Alternativ werden die Verbindungen auch als lösliche Moleküle mit entsprechenden Protein-Arrays/ Filtern getestet. Die Ergebnisse fließen in eine zentrale Datenbank. Hit-Substanzen werden validiert und stehen den NGFN-Partnern wie auch der Pharmaindustrie zur Nutzung bereit. Neue Verfahren und spezielle Mikro-Arrays werden patentiert.
Standort Rostock: Dynamische Modellisierung von Signal-Kaskadon
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Universität Rostock |
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