Ziel ist es, die Entstehung, Verbreitung und Populationsdynamik von Krankenhaus-assoziierten bakteriellen Erregern aufzuzeigen und ihren Weg durch verschiedene Ebenen (Station, Krankenhaus, Verlegungsnetzwerk) im vernetzten Krankenhaussystem zu bestimmen. Dies erfolgt mit besonderem Augenmerk auf solche Hoch-Risiko-Klone, die sich durch erhöhte Hartnäckigkeit auszeichnen, zum Beispiel durch Antibiotika-Resistenz, Übertragbarkeit und Virulenz. Durch Surveillance mit höchster Auflösung mittels Gesamtgenomsequenzierung werden die derzeit zirkulierenden Klone von Methicillin-resistenten Staphylococcus aureus, Carbapenem-resistenten Enterobacteriaceae, sowie Risikokeimen für frühgeborene Kinder, das heißt auch solche ohne besondere Antibiotika-Resistenz, ermittelt. Durch die Verwendung von long read Sequenziertechnologie soll der Erwerb von pathogenen Keimen auf einer neonatologischen Intensivstation sowie von erwachsenen Patienten, die von externen Krankenhäusern aufgenommen werden, in Echtzeit identifiziert werden. Dadurch können Übertragungsketten zwischen Patienten aufgezeigt und unterbrochen werden. Die Hauptziele von TAPIR sind ) die Etablierung von Echtzeit-Sequenzierung inklusive DNA Extraktion, Aufreinigung, und target-capture Protokollen sowie die dazu gehörigen bioinformatischen Pipelines. 2) Diese neu eingeführten Abläufe werden dann für Feldversuche in Echtzeit-Sequenzierung verwendet, als Teil des Screenings auf der neonatologischen Intensivstation, und bei Aufnahme von hoch-Risiko Patienten in das Universitätsklinikum. Dabei werden 3) die bedeutendsten bakteriellen Kolonisierer einer neonatoloigschen Intensivstation identifiziert, und dabei auch ihr Potenzial zur Übertragung und Verbreitung ermittelt. Auf regionaler Ebene werden 4) die Ausmaße der Verbreitung von Carbapenem-resistenten Bakterien und Patienten aufgezeigt, die sich durch das Verlegungsnetzwerk bewegen, als auch die Haupt-Klone, die in der Region vorherrschen.