Verbund

de.NBI - Partner: ModSim

Partnerprojekt des Leistungszentrums de.NBI-SysBio

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt ModSim sollen dem de.NBI-Netzwerk nun auch Methoden und integrierte Software-Werkzeuge hinzugefügt werden, die der Konstruktion, der Simulation und der Analyse mathematischer Modelle von biologischen Systemen dienen. Mit der Integration dieses wichtigen Teilgebietes der Bioinformatik können dann im Rahmen von de.NBI zukünftig auch Dienstleistungen und leistungsstarke Ressourcen im Bereich der systembiologischen Modellierung angeboten werden.

Das Verbundprojekt ModSim wird sich im Wesentlichen mit den beiden Modellierungswerkzeugen COPASI und CellNetAnalyzer beschäftigen. Diese sollen als neue Ressourcen innerhalb des de.NBI-Netzwerkes bereitgestellt werden. Es ist zudem vorgesehen, einen erweiterten Benutzersupport aufzubauen und zu unterhalten sowie verschiedene Trainingskurse und Workshops im Bereich der systembiologischen Modellierung auszuarbeiten und anzubieten. Dabei könnten interessierte Nutzerinnen und Nutzer in die verschiedenen Techniken der Modellierung von zellulären Systemen und Netzwerken eingeführt werden. Auch der Umgang mit COPASI und CellNetAnalyzer soll so praxisnah vermittelt werden. Schließlich ist vorgesehen, de.NBI-relevante Weiterentwicklungen an COPASI und CellNetAnalyzer vorzunehmen. So sollen u.a. Standardisierungen von Modell- und Simulationsbeschreibungen eingeführt werden, die im bereits existierenden de.NBI-Knoten NBI-SysBio ausgearbeitet worden sind. Zudem soll untersucht werden, welche Schnittstellen zwischen bereits existierenden Ressourcen des de.NBI-Netzwerkes und COPASI bzw. CellNetAnalyzer eingerichtet werden können, um bestimmte Funktionalitäten zu integrieren. Weitere Erweiterungen in COPASI oder CellNetAnalyzer könnten – sofern verstärkt nachgefragt und im Rahmen des Projektes realisierbar – implementiert werden.

Teilprojekte

Abgeschlossen

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Heidelberg

Förderkennzeichen: 031L0104A
Gesamte Fördersumme: 649.588 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Ursula Kummer
Adresse: Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg - Fakultät für Biowissenschaften - Centre for Organismal Studies (COS) - Modellierung Biologischer Prozesse
Im Neuenheimer Feld 267
69120 Heidelberg

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Heidelberg

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt ModSim sollen dem de.NBI-Netzwerk nun auch Methoden und integrierte Software-Werkzeuge hinzugefügt werden, die der Konstruktion, der Simulation und der Analyse mathematischer Modelle von biologischen Systemen dienen. Mit der Integration dieses wichtigen Teilgebietes der Bioinformatik können dann im Rahmen von de.NBI zukünftig auch Dienstleistungen und leistungsstarke Ressourcen im Bereich der systembiologischen Modellierung angeboten werden.

Das Verbundprojekt ModSim wird sich im Wesentlichen mit den beiden Modellierungswerkzeugen COPASI und CellNetAnalyzer beschäftigen. Diese sollen als neue Ressourcen innerhalb des de.NBI-Netzwerkes bereitgestellt werden. Es ist zudem vorgesehen, einen erweiterten Benutzersupport aufzubauen und zu unterhalten sowie verschiedene Trainingskurse und Workshops im Bereich der systembiologischen Modellierung auszuarbeiten und anzubieten. Dabei könnten interessierte Nutzerinnen und Nutzer in die verschiedenen Techniken der Modellierung von zellulären Systemen und Netzwerken eingeführt werden. Auch der Umgang mit COPASI und CellNetAnalyzer soll so praxisnah vermittelt werden. Schließlich ist vorgesehen, de.NBI-relevante Weiterentwicklungen an COPASI und CellNetAnalyzer vorzunehmen. So sollen u.a. Standardisierungen von Modell- und Simulationsbeschreibungen eingeführt werden, die im bereits existierenden de.NBI-Knoten NBI-SysBio ausgearbeitet worden sind. Zudem soll untersucht werden, welche Schnittstellen zwischen bereits existierenden Ressourcen des de.NBI-Netzwerkes und COPASI bzw. CellNetAnalyzer eingerichtet werden können, um bestimmte Funktionalitäten zu integrieren. Weitere Erweiterungen in COPASI oder CellNetAnalyzer könnten – sofern verstärkt nachgefragt und im Rahmen des Projektes realisierbar – implementiert werden.

Abgeschlossen

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Magdeburg

Förderkennzeichen: 031L0104B
Gesamte Fördersumme: 484.533 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr.-Ing. Steffen Klamt
Adresse: Max-Planck-Institut für Dynamik komplexer technischer Systeme - Fachgruppe Analyse und Redesign biologischer Netzwerke
Sandtorstr. 1
39106 Magdeburg

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Magdeburg

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt ModSim sollen dem de.NBI-Netzwerk nun auch Methoden und integrierte Software-Werkzeuge hinzugefügt werden, die der Konstruktion, der Simulation und der Analyse mathematischer Modelle von biologischen Systemen dienen. Mit der Integration dieses wichtigen Teilgebietes der Bioinformatik können dann im Rahmen von de.NBI zukünftig auch Dienstleistungen und leistungsstarke Ressourcen im Bereich der systembiologischen Modellierung angeboten werden.

Das Verbundprojekt ModSim wird sich im Wesentlichen mit den beiden Modellierungswerkzeugen COPASI und CellNetAnalyzer beschäftigen. Diese sollen als neue Ressourcen innerhalb des de.NBI-Netzwerkes bereitgestellt werden. Es ist zudem vorgesehen, einen erweiterten Benutzersupport aufzubauen und zu unterhalten sowie verschiedene Trainingskurse und Workshops im Bereich der systembiologischen Modellierung auszuarbeiten und anzubieten. Dabei könnten interessierte Nutzerinnen und Nutzer in die verschiedenen Techniken der Modellierung von zellulären Systemen und Netzwerken eingeführt werden. Auch der Umgang mit COPASI und CellNetAnalyzer soll so praxisnah vermittelt werden. Schließlich ist vorgesehen, de.NBI-relevante Weiterentwicklungen an COPASI und CellNetAnalyzer vorzunehmen. So sollen u.a. Standardisierungen von Modell- und Simulationsbeschreibungen eingeführt werden, die im bereits existierenden de.NBI-Knoten NBI-SysBio ausgearbeitet worden sind. Zudem soll untersucht werden, welche Schnittstellen zwischen bereits existierenden Ressourcen des de.NBI-Netzwerkes und COPASI bzw. CellNetAnalyzer eingerichtet werden können, um bestimmte Funktionalitäten zu integrieren. Weitere Erweiterungen in COPASI oder CellNetAnalyzer könnten – sofern verstärkt nachgefragt und im Rahmen des Projektes realisierbar – implementiert werden.