Das Teilprojekt 3 gliedert sich in fünf Unterprojekte (3.1-3.5). Im Rahmen der fünf Unterprojekte werden humane post-mortem Gewebeproben unterschiedlicher Hirnregionen von gesunden Kontrollpersonen mit Proben von Patienten mit Parkinsonerkrankung verglichen. 3.1 beschäftigt sich mit Proben von gesunden Kontrollfällen, 3.2 mit Proben von Parkinsonpatienten, 3.3 ergänzt weitere Regionen von Parkinsonpatienten, um regionale Verteilungsmuster zu erkennen, 3.4 beschäftigt sich mit Parkinsonpatienten in sehr frühen Stadien um das Voranschreiten der Erkrankung beobachten zu können und in 3.5 sollen Validierungen der Ergebnisse erfolgen. Die Daten der Unterprojekte 1-5 werden korreliert, so dass epigenetische Veränderungen bei Voranschreiten der Parkinsonerkrankung zu erkennen sind. Hierbei werden DNA-Modifikationen (Methylierung, Hydroxymethylierung) und Transkriptomveränderungen untersucht. Zur Anwendung kommen (hydroxy)methylierungs-sensitive Sequenziertechniken (Next Generation Sequencing) sowie RNA-Seq.