Das grundlegende Ziel der Koordinationsstelle ist es, das Nationale Steuerungsgremium der Medizininformatik-Initiative bei den Konsortien-übergreifenden Abstimmungsprozessen zu unterstützen. Insbesondere soll die Konsortien-übergreifende Interoperabilität der Datenintegrationszentren auf technischer, datenschutzrechtlicher, und Governance-Ebene bearbeitet werden. Damit wird das förderpolitisches Ziel des BMBF umgesetzt, die Chancen der Digitalisierung in der Medizin zu nutzen und durch die Entwicklung innovativer IT-Lösungen die Forschungsmöglichkeiten und die Patientenversorgung zu verbessern. Insbesondere wird im Begleitprojekt gemeinsam mit den Konsortien auf eine Standardisierung, einheitliche Verwendung von Terminologien und Metadaten sowie eine abgestimmte Qualitätssicherung der lokal erzeugten und gespeicherten Daten hingearbeitet. Eine weitere wichtige Voraussetzung für eine Nutzung der sensiblen medizinischen Daten über Standorte hinweg sind einheitliche Datenschutzkonzepte und Patienteneinwilligungen, sowie IT-Sicherheitsaspekte. Diese Themen werden ebenfalls intensiv im Begleitprojekt bearbeitet, in enger Kooperation mit den zuständigen Datenschutz-Aufsichtsbehörden und Ethikkommissionen. Weiterhin werden organisatorische Grundlagen im Bereich der Governance und des Managements bearbeitet, um einen übergreifenden Datenaustausch zu ermöglichen. Weitere Ziele sind die Stärkung der Medizininformatik in Lehre, Aus- und Weiterbildung, die Einbindung der relevanten Stakeholder des Forschungs- und Gesundheitssystems in Deutschland sowie der internationale Erfahrungsaustausch.