Teilprojekt eines Verbundes

Systemmedizin des Vorhofflimmerns; Omics-Analysen und Analyse longitudialer Genexpressionsdaten

Förderkennzeichen: 01ZX1408B
Fördersumme: 433.278 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2018
Projektleitung: Dr. Arne Schillert
Adresse: Universität zu Lübeck, Medizinische Fakultät, Institut für Medizinische Biometrie und Statistik
Ratzeburger Allee 160
23562 Lübeck

In dem Vorhaben wird das Ziel verfolgt, die Harmonisierung der Daten aus verschiedenen Quellen innerhalb des Gesamtverbundes symAtrial und die Bereitstellung der IT-Infrastruktur sicherzustellen, um standortübergreifend die notwendigen Daten auszutauschen und zentral die Ergebnisse zu vereinigen und für Folgeanalysen bereitzustellen. Ein weiteres Ziel ist die Analyse von verschiedenen Omics-Daten, die innerhalb des Konsortiums vorliegen. Diese sollen in Bezug auf für das Vorhofflimmern relevante Endpunkte hin ausgewertet werden. Insbesondere umfasst dies die Analyse der longitudinalen Expressiondaten der Gutenberg-Gesundheitsstudie. Diese Daten müssen jedoch vorher noch harmonisiert und qualitätskontrolliert werden. Innerhalb des Vorhabens wird ein Server aufgesetzt, der neben einem Content-Management-System eine Datenbanklösung für die Verwaltung von Ergebnisdaten verschiedenster Experimente bereitstellt. Dazu wird überprüft, ob die Software MOLGENIS den Anforderungen genügt, andernfalls wird versucht sie zu erweitern, bzw. eine eigene MySQL-Datenbank entwickelt. Desweiteren werden die longitudinalen Genexpressionsdaten harmonisiert. Dazu müssen die notwendigen Prozeduren für die Anwendung auf Hochdurchsatzdaten angepasst werden. Anschließend werden für diese Daten und die weiteren vorliegenden Genexpressionsdaten Analysen auf einen Zusammenhang mit Vorhofflimmern und verwandten Phänotypen durchgeführt. Weiterhin werden genomweite Assoziationsanalysen für diese Phänotypen gerechnet.