Das Verbundprojekt SysMilk, an dem fünf Partner aus Deutschland, Dänemark, den Niederlanden, Schweden und der Schweiz beteiligt sind, beschäftigt sich mit Milch, genauer gesagt mit den Mikroorganismen, die sich in der Milch befinden. Mikrobielle Gemeinschaften sind in vielerlei Hinsicht von großer Bedeutung: Sie haben im Allgemeinen direkte Auswirkungen auf die Umwelt und die menschliche Gesundheit; zudem besitzen sie große Bedeutung für die Biotechnologie. Die Artenzusammensetzung und die Gesamtfunktion der meisten mikrobiellen Gemeinschaften sind dabei in großem Maße durch metabolische Wechselwirkungen zwischen ihren Mitgliedsarten geprägt. Für ein allgemeines Verständnis dieser Wechselwirkungen sind zwei Hürden zu beseitigen, deren Untersuchung Hauptgegenstand des Verbundvorhabens SysMilk ist. So soll zum einen ein Computermodell entwickelt werden, das Untersuchungen auf Systemebene ermöglicht. Zum anderen sollen Werkzeuge für die Untersuchung der Interaktionen zwischen verschiedenen Mikrobenarten in großen Gemeinschaften geschaffen werden.

SysMilk konzentriert seine Forschungsaktivitäten auf Kefir, ein spezielles Molkereiprodukt. Kefir ist ein natürliches Sauermilchprodukt mit einer vielfältigen Artenzusammensetzung und einer bemerkenswerten Stabilität. Das Hauptziel des Verbundprojektes ist es, definierte und stabile Mikrobengemeinschaften auf Kefirbasis mit Hilfe neuester Omics-Technologien sowie von computergestützten Modellierungsansätzen zu entwickeln.

Die im Zuge des SysMilk-Projektes entwickelten Methoden werden von direktem Nutzen für die Milchindustrie sein. So können die geplanten Computerprogramme von der Milchindustrie eingesetzt werden, um Produkte mit verbesserter Qualität herzustellen und den Produktionszyklus zu optimieren. Weitere Einsatzmöglichkeiten finden sich unter anderem im Weinbau, wo ungewollte Kontaminationen mit Milchsäurebakterien ein Problem darstellen.