Epigenetische Daten eignen sich hervorragend, um Prozesse der Programmierung von Stammzellen in differenzierte Zellen molekular zu verfolgen. In Teilprojekt 2 werden genomweite Expression- und Epigenom-Profile von humanen induzierten pluripotenten Stammzellen (hiPSCs), von hieraus generierten Hepatozyten ähnlichen Zellen (HLCs) und primären Hepatocyten produziert. Es sollen epigenetische Veränderungen in Verbindung mit regulatorischen Veränderungen im Verlauf der (unvollständigen) Differenzierung erfasst und bioinformatisch ausgewertet werden. Neben genomweiten Transkriptomen in hiPSCs, HLCs und primären menschlichen Hepatocytes werden ausgesuchte epigenetische Modifikationen der gleichen Zellen mit Hilfe der Methoden ChIP-Seq und ATACseq generiert. Für die Analysen werden zudem Daten (primärer Hepatozyten) und Werkzeuge des Deutschen Epigenomprojektes DEEP genutzt. Ziel der Analysen ist es, molekulare Signaturen zu identifizieren, die zu einer verbesserten Reprogrammierung und Differenzierungseffizienz von iPSCs in HLCs führen.