Das übergeordnete Ziel des DZKJ ist es, mittels multidisziplinärer Forschung auf höchstem Niveau Durchbrüche in der Prävention, Diagnose und Behandlung von Krankheiten zu beschleunigen und damit die Gesundheit und Entwicklung von Kindern und Jugendlichen entscheidend und nachhaltig zu fördern. Die sieben Partnerstandorte des DZKJ bündeln vorhandene klinische Kompetenzen und wissenschaftliche Expertise und bauen ihr Forschungsprogramm auf den vorhandenen Forschungsinfrastrukturen an den Standorten auf. In der 2-jährigen Aufbauphase des DZKJ wird standortübergreifend ein wissenschaftliches Forschungsprogramm implementiert und die vorhandenen Forschungsinfrastrukturen werden weiterentwickelt und vernetzt. Die Universitätsmedizin Rostock wird sich dabei insbesondere am Aufbau der lokalen Governance-Strukturen, Entwicklung einer zentrumsübergreifenden Forschungsdaten-Plattform und dem Aufbau einer Nachwuchsakademie zur Kinder- und Jugendgesundheit beteiligen. Insbesondere wird am Standort Rostock auch die "Brücke" (Joint Platform) mit dem DZPG organisiert und damit Strukturen für die Zusammenarbeit der beiden Zentren im Bereich psychische Gesundheit entwickelt. Die DZKJ-Akademie soll einen entscheidenden Schritt leisten, einer neuen Generation von Forschenden im Bereich Kinder- und Jugendgesundheit neue, familienfreundliche Wege zu ebnen, sie thematisch und inhaltlich zu motivieren und materiell zu fördern; am Standort werden über die Brücke für Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler Strukturen entwickelt, die die Nutzung beider Akademien ermöglichen soll. Darüber hinaus werden Patientinnen und Patienten, Eltern und Öffentlichkeit (PPPI) in alle Bereiche der Entwicklung des Zentrums eingebunden. Ein wichtiger Schwerpunkt ist die Befähigung von Kindern und Jugendlichen zur aktiven Teilnahme an den Gremien und der Forschung des Zentrums, die Berücksichtigung der Besonderheiten psychisch kranker Minderjähriger und auch die Beteiligung gesunder Jugendlicher.