Im Gesamtverbund soll untersucht werden, ob die Analyse des Urinproteoms von Patientinnen und Patienten mit Nierenerkrankungen als "liquid biopsy" eine Diagnosestellung ermöglicht und somit eine Nierenbiopsie ersetzen kann. Weiter wird getestet, ob Urinproteom-Klassifikatoren relevante Prognoseparameter wie Nierenfibrose und Progression vorhersagen, und ob diese Klassifikatoren als Biomarker zur Vorhersage des therapeutischen Ansprechens dienen können und so helfen personalisierte Therapieoptionen anzubieten. Ziel einer präklinischen Untersuchung ist es, zu testen, ob Biomarker aus dem Urinproteom in Gewebeproben der "European Renal cDNA Bank (ERCB)" rekapituliert werden können und ob eine Kombination von genomischen und proteomischen Profilen Diagnose und Prognose weiter verbessern kann. Zentraler Bestandteil dieses Teilprojektes ist die "Nephrologische Biobank des Klinikums Bayreuth GmbH". Hier sind mittlerweile 539 Patienten zum Zeitpunkt ihrer Nierenbiopsie eingeschlossen. Von 519 ist eine Urinprobe, von 527 eine Serumprobe asserviert und von 410 Patienten wurde ein Fragment ihrer Nierenbiopsie in der "ERCB" gelagert. Ziel ist die Vorhersagekraft einer Urin-Proteomanalyse für histologisch gesicherte Diagnosen zu validieren. Hierbei soll auch untersucht werden, ob sich Klassifier-Peptide für seltene renale Erkrankungen (C3GN, TMA, Amyloidose etc.) finden lassen. Weiterhin soll getestet werden, ob Urinproteom-Klassifikatoren in der Lage sind das Ausmaß an renaler Fibrose sowie die Progressionstendenz einer Nierenerkrankung besser vorherzusagen als konventionelle Parameter. Diese Untersuchungen sollen im Gesamtpatientengut, aber auch in Subanalysen für spezifische Nierenerkrankungen, für die mindestens 20-25 Proben vorhanden sind, durchgeführt werden. Schließlich sollen relevante Proteinfragmente aus den Urinproteom-Klassifikatoren in korrespondierenden Nierenbiopsien der "ERCB" verifiziert werden. Eine Schutzrechtsanmeldung ist geplant sowie die Vermarktung des entwickelten Tests.

Im Gesamtverbund soll untersucht werden ob die Analyse des Urinproteoms von Patientinnen und Patienten mit Nierenerkrankungen als "liquid biopsy" eine Diagnosestellung ermöglicht und somit eine Nierenbiopsie ersetzen kann. Weiter wird untersucht ob Urin-Proteom-Klassifikatoren relevante Prognoseparameter wie Nierenfibrose und Progression vorhersagen, und ob diese als relevante Biomarker zur Vorhersage des therapeutischen Ansprechens dienen können und so helfen personalisierte Therapieoptionen anzubieten. Ziel einer präklinischen Untersuchung ist es, zu testen, ob Biomarker der Proteom-Klassifikatoren in Gewebeproben der "European Renal cDNA Bank" rekapituliert werden können und ob eine Kombination von genomischen und proteomischen Profilen Diagnose und Prognose weiter verbessern kann. Der Projektpartner MOS wird die Analyse mittels Kapillarelektrophorese gekoppelt mit der Massenspektrometrie (CE-MS) zur Untersuchung des Urin-Proteoms durchführen. Die erhaltenen Proteom-Daten werden mit schon definierten Klassifikatoren bewertet, die mit einer bestimmten chronischen Nierenerkrankung (chronic kidney disease, CKD) Ätiologie signifikant assoziiert sind. Dies soll die Differenzierung von chronischen Nierenerkrankungen ermöglichen. Die von den Partnern zur Verfügung gestellte Patientenkohorte wird somit für die Validierung der zuvor definierten Urinproteom-basierten Klassifikatoren zur Vorhersage der histopathologischen Diagnose der Niere verwendet. Die Assay-Leistungskriterien, einschließlich Sensitivität, Spezifität, PPV, NPV, Wiederholbarkeit, Stabilität usw. wurden für CKD273, einem Klassifikator, im Zusammenhang mit der Früherkennung von diabetischen Nierenerkrankung detailliert bewertet und von der FDA akzeptiert. Die Leistung der anderen Klassifikatoren wird auf die gleiche Weise bewertet.

Im Gesamtverbund soll untersucht werden, ob die Analyse des Urinproteoms von Patientinnen und Patienten mit Nierenerkrankungen als "liquid biopsy" eine Diagnosestellung ermöglicht und somit eine Nierenbiopsie ersetzen kann. Weiter wird untersucht, ob Urin-Proteom-Klassifikatoren relevante Prognoseparameter wie Nierenfibrose und Progression vorhersagen, und ob diese Klassifikatoren als Biomarker zur Vorhersage des therapeutischen Ansprechens dienen können und so helfen, personalisierte Therapieoptionen anzubieten. Ziel einer präklinischen Untersuchung ist es, zu testen, ob Biomarker aus dem Urinproteom in Gewebeproben der "European Renal cDNA Bank" rekapituliert werden können und ob eine Kombination von genomischen und proteomischen sowie quantifizierten histopathologischen und proteomischen Profilen Diagnose und Prognose weiter verbessern kann. Zentraler Bestandteil dieses Teilprojektes ist die "Biobank des St. Georg Klinikums". Aktuell sind in der Biobank Proben von 112 Patienten mit gleichzeitig vorhandener Nierenbiopsie (mit histologischer Charakterisierung) und parallelen Urinproben vorhanden. Ziel ist die Validierung der Vorhersagekraft einer Urin-Proteomanalyse für histologisch gesicherte renale Diagnosen sowie die Validierung der Vorhersagekraft der Urin-Proteom-Klassifikatoren CKD273 und/oder IgAN237 für das Ausmaß der interstitiellen Fibrose und der Progression einer Nierenerkrankung. Zusätzlich wird die Validierung der Vorhersagekraft der Klassifikatoren CKD273 und IgAN237 für das therapeutische Ansprechen erfolgen.

Im Gesamtverbund soll untersucht werden ob die Analyse des Urinproteoms von Patientinnen und Patienten mit Nierenerkrankungen als "liquid biopsy" eine Diagnosestellung ermöglicht und somit eine Nierenbiopsie ersetzen kann. Weiter wird untersucht ob Urin-Proteom-Klassifikatoren relevante Prognoseparameter wie Nierenfibrose und Progression vorhersagen, und ob diese als relevante Biomarker zur Vorhersage des therapeutischen Ansprechens dienen können und so helfen, personalisierte Therapieoptionen anzubieten. Ziel einer präklinischen Untersuchung ist es, zu testen, ob Biomarker der Proteom-Klassifikatoren in Gewebeproben der "European Renal cDNA Bank" rekapituliert werden können und ob eine Kombination von genomischen und proteomischen Profilen Diagnose und Prognose weiter verbessern kann. Im Rahmen der präklinischen Studie sollen am Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf relevante Proteinfragmente unter den Klassifikatorproteinen in Nierengewebe aus der European Renal cDNA Bank (ERCB) identifiziert und validiert sowie weitere Einblicke in die zugrunde liegenden pathologischen Mechanismen der IgA Nephropathie gewonnen werden. Zudem soll getestet werden, ob eine Kombination einer transkriptomischen Signatur mit Proteom-Profilen Diagnose und Prognose weiter verbessern kann.

Im Gesamtverbund soll untersucht werden ob die Analyse des Urinproteoms von Patientinnen und Patienten mit Nierenerkrankungen als "liquid biopsy" eine Diagnosestellung ermöglicht und somit eine Nierenbiopsie ersetzen kann. Weiter wird untersucht ob Urin-Proteom-Klassifikatoren relevante Prognoseparameter wie Nierenfibrose und Progression vorhersagen, und ob diese als relevante Biomarker zur Vorhersage des therapeutischen Ansprechens dienen können und so helfen personalisierte Therapieoptionen anzubieten. Ziel einer präklinischen Untersuchung ist es, zu testen, ob Biomarker der Proteom-Klassifikatoren in Gewebeproben der "European Renal cDNA Bank" rekapituliert werden können und ob eine Kombination von genomischen und proteomischen Profilen Diagnose und Prognose weiter verbessern kann. Die Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg widmet sich in diesem Projekt der standardisierten retrospektiven Aufarbeitung des Biopsie-Kollektives. Dies schließt eine standardisierte aktuelle Klassifizierung der Erkrankungen, eine histopathologische und ggf. ergänzende immunhistologische und elektronenmikroskopische Analyse und eine standardisierte Computer-gestützte Evaluierung der renalen Fibrose an Spezialfärbungen ein.