Die Teilprojekte 2 und 4 steuern wichtige zusätzliche Daten bei und schließen so verbleibende Verständnislücken. Hierzu erfolgen neue Analysen in bestehenden Patientenkohorten, sowie die prospektive, intensive Untersuchung beatmeter Pneumoniepatienten (multiple Analysen aus dem peripheren Blut; Proteom und Mikrobiom im pulmonalen Kompartiment). Umfangreiche komplementäre Mausexperimente liefern detaillierte Informationen über frühe, beim Patienten vor der Diagnosestellung ablaufende Vorgänge. In Experimenten an isolierten Mauslungen, Lungengewebe und Zellkulturen werden zentrale Mechanismen der Pneumonie-induzierten Barrieredysfunktion untersucht. Patienten-„omics" und experimentelle Daten tragen iterativ zur Optimierung der mathematischen Modelle bei.