Ziele der Arbeiten in den Arbeitspaketen 2.4 und 4.1 am Standort Gießen sind die Charakterisierung des Lungenmikrobioms bei Patienten mit unkomplizierter (uCAP) und schwerer CAP (sCAP) (2.4) sowie bei Infektionsmodellen (4.1) mithilfe von Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation (NGS). Zum molekularen Nachweis respiratorischer Pathogene werden zunächst Respirationsproben (Trachealaspirate, bronchoalveoläre Lavage) von n= 60 beatmeten CAP-Patienten mithilfe Kultur-abhängiger (MALDI-TOF MS) und Kultur-unabhängiger Ansätze (MassTAG PCR) untersucht. Anschließend erfolgen vertiefte Charakterisierung des Lungenmikrobioms mittels Next-Generation Sequencing (NGS), bioinformatorische Analysen über Datenanalyse-Pipelines und die Zuordnung der Ergebnisse zu den klinischen Daten. Datenaustausch wird mit den Verbundpartnern der Teilprojekte 1, 3 und 5 erfolgen (2.4). Im Arbeitspaket 4.1 wird die Mikrobiomanalyse mittels NGS als Teil der Charakterisierung der Infektionsmodelle durchgeführt.