Chronisch-entzündliche Erkrankungen sind durch eine überschießende Immunreaktion und Gewebsdestruktion in unterschiedlichen Organsystemen gekennzeichnet. Der Verbund untersucht auch in der zweiten Phase beispielhaft zwei verschiedene Modellerkrankungen: Chronisch-entzündliche Darmerkrankungen (CED) und Psoriasis (PSO), die trotz unterschiedlicher Organmanifestation ein hohes Maß an klinischen und molekularen Überlappungen aufweisen. Neben einer hohen Schnittmenge an genetischen Risikoloci, ähneln sich fehlregulierte Immunsignale, die durch eine überschießende Th1/Th17 Antwort und epitheliale Barrierestörungen gekennzeichnet sind. Gezielte Therapien können einzelne Entzündungs-Signale (z. B. Zytokine) antagonisieren und werden erfolgreich für die Behandlung beider Krankheiten eingesetzt. Dennoch haben beide chronische Erkrankungen immer noch einen erheblichen klinischen Verbesserungsbedarf, da es trotz verbesserter Therapie zu hohen Raten von primärem und sekundärem Therapieversagen kommt. Weiterhin gibt es bei einer Vielzahl von Wirkprinzipien bisher keine Möglichkeit, vorherzusagen, welches Medikament für den einzelnen Patienten den besten klinischen Effekt erzielt. Das Projekt verfolgt auch in der zweiten Phase unverändert drei Hauptziele 1) Identifikation früher Marker und mechanistischer Prinzipien von Response und Non-Response; 2) Verständnis der molekularen Pathophysiologie therapieresistenter "Gewebsinseln" und der räumlichen Heterogenität von Therapieantwort und 3) die Untersuchung des Prinzips der Pathomorphose, bei der eine Therapie zu einer grundlegenden Veränderung der entzündlichen Reaktion führt (z. B. psoriasiforme Hautautoimmunität nach Anti-TNF Therapie bei CED). Letztgenanntes Ziel soll zur Entwicklung von kombinierten Therapiepfaden beitragen, bei denen man sich die schrittweise Reprogrammierung der immunologischen Signale zunutze macht.