Covid-19 stellt aufgrund der hochdynamischen Ausbreitung und hohen Mortalität die weltweiten Gesundheitssysteme vor neue, bisher nicht bekannte Herausforderungen und ist mit bisher kaum absehbaren, schwerwiegenden globalen sozioökonomischen Kosten verbunden. Aufgrund des noch sehr geringen Verständnisses der Erkrankung fehlen aktuell systemmedizinische Ansätze. Im "Rahmenprogramm Gesundheitsforschung der Bundesregierung" wird dieser Problemkomplex in den Aktionsfeldern 1 und 2, "Gebündelte Erforschung von Volkskrankheiten" und "Individualisierte Medizin", aufgegriffen. Im interdisziplinären Verbundvorhaben "CAPSyS - Systemmedizin der ambulant erworbenen Pneumonie" verfolgen wir im "Forschungs- und Förderkonzept e:Med" des Bundesministeriums für Bildung und Forschung seit Jahren das Ziel komplexe physiologische und pathologische Prozesse der Pneumonie besser zu verstehen und damit Grundlagen für die Entwicklung innovativer Heilverfahren und Präventionsmaßnahmen zu schaffen. Dieses Forschungsprogramm lässt sich nun schnell auf die neuartige Pneumonie-Form SARS-CoV-2 übertragen. Im Rahmen des Teilvorhabens "Deep phenotyping"-Kohorte: neue Analysen" solle eine Kohorte von beatmungspflichtigen Covid-19 Patienten mit schweren Verläufen etabliert werden, welche auf klinischer und molekularer Ebene detailliert charakterisiert werden soll. Es erfolgt eine detaillierte longitudinale molekulare Charakterisierung (Genom, Transkriptom, Metabolom, Proteom, Zytokine, Biomarker, anti-SARS-CoV-2 Immunität) der Covid-19 Patienten auf mehreren Omics-Ebenen für systemmedizinische Analysen zur Modellierung der Erkrankung.